Sekvenciranje bakterijskih genomov za preverjanje prenosa iz živali na človeka

Rezultati letošnje študije so bili obljavljeni v reviji EMBO Molecular Medicine in potrjujejo prenos meticilin rezistentne Staphylococcus aureus (MRSA) iz živali na človeka. MRSA je bakterijski bolezenski povzročitelj, ki nosi pred kratkim opisan gen mecC. Omenjeni gen je odgovoren za rezistenco na penicilinu podoben antibiotik meticilin.

Infekcije z rezistentnimi bakterijami predstavlajo velik izziv za javno zdravstvo in lahko imajo hude, včasih celo smrtne posledice. Ker cena metod za sekvenciranje celtnih genomov upada, ob tem pa se hitrost preiskav povečuje, je za znanstvenike zmeraj bolj zanimiva sekvenca genomov za razvozlavanje vprašanj povezanih z boleznimi.

„Uporabili smo celotno genomsko sekvenciranje da bi ugotovili, ali sta oba izbruha bolezni bila povzročena z enako bakterijo ter da smo raziskali ali so se patogeni prenašali z živali na človeka ali obratno,“ komentira Mark Holmes z Univerze v Cambridgeu in glavni avtor članka. „Na prvi pogled je bilo smiselno pričakovati, da je izbruh bolezni na geografsko bližnjih lokacijah povzročil enak patogen. Po natančejšem pregledu posameznih razlik v nukleotidih DNK sekvenc vsakega izolata pa je postalo jasno, da sta za dva različna izbruha bila odgovorna dva različna seva bakterije. V enem od primerov so rezultati tudi jasno pokazali, da je najverjetnejša smer prenosa potekala iz živali na človeka.“

Meticilin rezistentna S. Aureus lahko povzroča izčrpavajoče infekcije kože in mehkih tkiv, bakteremije, pneumonije in endokarditise. Raziskovalci so uporabili sistem Illumina HiSeq za natančnejši vpogled v nukleotidno zaporedje vsakega patogena. Na podlagi primerjav posameznih razlik v nukleotidih vsake sekvence so lahko prišli do zaključkov o identiteti obeh patogenov in o poteh prenosa.

Raziskovalci poudarjajo, da sekvenciranje celotnih genomov ne more zamenjati tradicionalnih načinov analize bolezni, kljub temu pa lahko občutno poveča zmožnosti za razlikovanje med posameznimi patogeni, ki nastopajo kot povzročitelji bolezni.

„Naše ugotovitve kažejo na sposobnost MRSA sevov, ki smo jih študirali, za prenos med živalmi in ljudmi, kar ponovno usmerja žaromet na vlogo živinoreje kot potencialni rezervoar za antibiotično rezistentne bakterije,“ poudarja Ewan Harrison, eden izmed poglavitnih avtorjev prispevka.

Izvirni članek: Whole genome sequencing identifies zoonotic transmission of MRSA isolates with the novel mecA homologue mecC

Ewan M. Harrison, Gavin K. Paterson, Matthew T.G. Holden, Jesper Larsen, Marc Stegger, Anders Rhod Larsen, Andreas Petersen, Robert L. Skov, Judit Marta Christensen, Anne Bak Zeuthen, Ole Heltberg, Simon R. Harris, Ruth N. Zadoks, Julian Parkhill, Sharon J. Peacock, Mark A. Holmes

Prispevek v celoti lahko preberete na povezavi http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/emmm.201202413/full